具体的には、あらゆる接続状況にたいして、有効端子の認識をおこなう必要が あるのかと言うことです。 有効、無効端子に関らず、単に左端から端子1、 端子2とみなしていくのではだめでしょうか。
それとも、最低限接続が原因で、異常動作、暴走するようなことがないように なっていれば良いのでしょうか。

      (1) 頁  2)マルチターミナル設定原則   箱内の2重下線部
      (2) 頁      アプリケーションのスタート     2重下線部
      (3) 頁      抜き差しのチェック             2重下線部

1. VDP2項目 : 3(a) 「FILLビットのチェックを行っているか?」

2. SMPC項目 : 全部

1. この項目は不要項目ですので削除してください。

2. この項目の1から9までは弊社より提供のライブラリを使用している場合、 YES として、SEGA提供のライブラリを使用していると記載ください。

　"全くセーブ機能が使えない場合。この場合でもユーザーの判断でゲームをプレイできるようにしておかなければならない。"

とあります。
Disk1とDisk2で、それぞれに違うモードのゲームが入っている場合、 "全くセーブ機能が使えない場合"では、Disk1のゲームは遊べるが Disk2のゲームは、Disk1の起動確認、データの受け渡しができない為に、 ゲームがプレイできない。

これでは"ユーザーの判断で..."といった作成基準に反することに なってしまいます。

このような場合の対処方法として、なにかあるでしょうか。
バックアップの空き容量が不十分な場合、警告メッセージを表示して マルチプレイヤー画面へ移行するようにしても良いのでしょうか。

1. ユーザーにバックアップRAMの容量が足りないことを知らせる。

2. そのまま続けるのか、中止してバックアップラムの整理をするかをユーザーに選択させる。

バックアップがない為にゲームをさせないと言うのはユーザフレンドリ ではないということで、1枚目しかプレー出来ない事を前提に1枚目に関しては、 遊んでも構わないとするのが妥当でしょう。

• 1P側のコントローラが、接続されていない。
• なおかつ1P vs 2Pの対戦用のバックアップデータが有る場合。

この状況でゲームを開始しようとした場合、 バックアップデータが存在しないものとして処理すべきですか?
それとも、接続状態を無視して処理すべきでしょうか?

1. 1P側にコントローラがささっていない。
   以前のバックアップデータを無視してプレーしても良いかをユーザに確認。

• 続行する場合：バックアップデータは無視してゲームを続行。
• やめる場合：マルチプレイヤー画面に戻る。

SAMPLEDAT_00        (クリア状況データ)
SAMPLEDAT_01        (自作パズルデータ1)
SAMPLEDAT_02        (自作パズルデータ2)

それとも、クリア状況データと自作パズルデータとは根本的に記録名を 変えたほうがいいのでしょうか。

• バックアップに必要なデータをセーブする。
• ユーザーにCDの交換を促すメッセージを表示する。
• CDトレイの蓋が開いたらマルチプレイヤーにジャンプする。
• 交換されたCDが起動される。
• 必要なバックアップデータを参照する。
• データが正常な内容ならば、そのまま続行する。
• データが異常かデータ自体が存在しない場合は、1枚目をセットするようにユーザーに知らせる。

以上は、複数のディスク間でデータをやり取りする場合の方法です。
どのディスクからも無条件で行き来できるようにする場合には、バックアップ データのチェックを行う必要はありません。