『ディスク１』と『ディスク２』の入れ替えの際には、次に示す事項を厳守すること。
《ディスク入れ替え時厳守事項》
『ディスク１』と『ディスク２』の入れ替えは、以下に示す《ディスク入れ替え基本手順》に従って行う。
《ディスク入れ替え基本手順》
【ディスクの入れ替えをして下さい。本体のオープンボタンを押すとマルチプレイヤー画面に進みます。ディスク１とディスク２を入れ替えた後に本体のCDドアを閉め、ゲームを再スタートして下さい。】 （ユーザーが『ディスク１』を取り出す＝本体のオープンボタンを押す）
※バックアップRAMへの必要データの保存（退避）手順については省略した
『ディスク１』のメインゲームが終了して『ディスク２』に移行する場合は、《ディスク入れ替え基本手順》 に則ってディスクの入れ替えを行う。
『ディスク１』からの移行で『ディスク２』がスタートする際には、メインゲームに関係ない表示（アプリケーションでのセガロゴやタイトル画面等の表示）はできる限り行わず、スムーズにゲームがつながるようにするのが望ましい。（１．基本設計 ２＞タイトルシーケンス の内容と矛盾する点があるが、これについては後述する５．の推奨仕様を参照すること）
『ディスク１』で立ち上げたのにも関わらず、コンティニュー等で『ディスク２』の内容からゲームがスタートするような場合は、ディスク入れ替え処理の前に『ディスク２』からのスタートとなる旨を画面表示にてユーザーに知らせる。
（ユーザーが『ディスク１』内のタイトルからコンティニューを選択）
基本設計の項で示したように『ディスク２』でのゲームオーバーやコンティニュー、ゲームクリアの場合には、必ず『ディスク２』内のアプリケーションスタート地点（「セガロゴ」）に戻る。後述するが、パッドの『A＋B＋C＋スタートボタン』によるリセットの場合も『ディスク２』内の「タイトル画面」に戻る。 従って『ディスク２』から『ディスク１』へ移行するケースは、『ディスク２』で立ち上げたのにも関わらず『ディスク２』の内容からスタートする記録（セーブデータ）が無い場合、もしくは『ディスク２』で立ち上げたが『ディスク１』の内容からスタートする記録がユーザーに選択された場合、しかあり得ない。これは ４＞ディスクの入れ間違い対応 の項で説明する。
※『ディスク２』から『ディスク１』へもゲーム的につながりがある場合は、
２＞『ディスク１』から『ディスク２』へ 1）『ディスク１』の終了時
の項に準じてディスクの入れ替えを行うこと。
【 これはディスク２です。このディスクから始められる記録はありません。ディスク１を入れ直して下さい。】
※『ディスク１』で立ち上げたのにも関わらず『ディスク１』の内容からスタートする 記録（セーブデータ）が無い場合は含まれない。（『ディスク１』には、必ず“はじ めから”スタートできる機能があるからである）
※『ディスク２』以降にも”はじめから”スタートできる機能を設けるかどうかは各アプリケーションの判断にまかせる。